盡管馬士基認為不斷攀升的關稅是影響集裝箱航運業盈利情況的關鍵風險，但即將生效的限硫法規給航運公司造成的威脅其實更加嚴峻，它們不得不艱難地抬升運價水平，以便彌補燃料價格高漲造成的損失。

各個集運公司發布的2018年財務業績一次又一次地反映出了燃料價格上漲給企業利潤造成的影響，貨運費率上升和削減成本措施帶來的收益大部分都被高昂的燃油費給侵蝕了。目前船用重燃油價格為$428每噸，相比去年同期上漲了21%。低硫燃油價格則為$525每噸。

最初燃料價格從2018年5月開始上漲時，好幾家集運公司就在已有的油價調整指數附加費（BAF）之上新添了緊急燃油附加費(EBS)，但這也僅僅只能抵消一部分油價上升給航運公司成本造成的影響。舉個例子，達飛公司去年第三季度的單位成本增加了7.7%（$77每TEU），而同期每TEU的平均費率僅僅增至$55。

近期馬士基公布了2018年業績，與2017年相比，去年的平均貨運費率上漲了$91每FEU。但與此同時平均燃料定價卻上升了33%，相當于增加了$120萬（$92 每 FEU）的額外燃料成本。得益于第四季度的改善，馬士基2018年全年集裝箱總量實現了3.7%的增長，但相比于2017年5.6%的增長仍然遜色不少。其他大型航運公司大部分都尚未發布全年財報，但目前為止中遠海運已宣布去年的凈利潤相比2017年下降了55%，而ONE公司也公布財年第三季度虧損了$1.79億。

據航運咨詢機構Alphaliner一位分析師稱，2018年第三季度，十大航運公司其中的九家（第二大航運公司地中海航運未發布業績）平均經營利潤率僅為0.5%，遠低于2017年同期5.3%的盈利水平。在這段時間里，全行業總體燃油開銷大約在$190億左右，相比2017年第三季度高了20%。

由于燃油費用通常占據著航運公司一大半的運營成本，等到IMO限硫法規正式生效之后，集運公司的盈利情況將面臨嚴峻的考驗。目前航運業清潔低硫油的價格已比重燃油高出了30%，隨著今年下半年起低硫油需求升高而重燃油需求減少，它們之間的價差還將進一步擴大。

根據航運公司預測，清潔燃油將給集運行業帶來$130億-$157億的額外燃油成本。馬士基預估的額外成本為$20億，赫伯羅特為$10億，達飛為$30億。好幾家航運公司都已修改了燃油附加費方案，以彌補低硫油帶來的額外成本，但是鑒于過去航運公司在設定和維持盈利定價方面遭遇的困難，托運商是否樂意支付高昂的油費仍是未知數。

馬士基首席運營官Vincent Clerc表示，限硫法規的影響還會體現在托運商與集運公司在主要東西航線年度服務合約的洽談上。“2018年底我們的運價同比上漲了7%，因此全年收益也好于2017年末。……這意味著合約協商的環境對我們更有利。我們已經完成了與亞洲和歐洲客戶的洽談，簽約的運價也符合大環境改善的情況。從5月1日起我們還得完成整個北美市場的業務洽談。”

鑒于今年跨太平洋東向航線服務合約協商中關于限硫法規的展開狀況，所有相關的貨主和貨代都應注意防范2020年初可能出現的混亂。集運公司已經在公開討論基本運價與燃油附加費掛鉤的風險，這種情況對雙方都可能產生災難性的后果。以星航運總裁George Goldman指出：“我們的最終目標是解除燃油與運價的聯系。” 針對這個問題，行業分析師Lars Jensen 指出：“如果航運公司的燃油附加費方案失敗了，托運商就會陷入一種困境——如果航運公司突然間損失了$100億，那么沒有了燃油附加費的合約根本不可能具有價值，由此造成的結果就是，合約運價的概念也會喪失意義，然后將會出現實質上的現貨市場。”

但是也有一些航運公司仍然采取樂觀態度，談及已經簽訂的服務合約時，赫伯羅特首席執行官 Rolf Habben Jansen表示：“我們已經看到有很大一部分合約要么接受了我們的方案，要么采取了類似的客戶方案，它們最終產生的效果都差不多。”